J'ai un vinaigre débutant, il commence à maturer, il y a une mère mais il n'est pas encore complètement prêt. Je l'ai déjà transvasé hors du vinaigrier avant de l'y remettre (c'était pour faire tremper le bouchon de liège du robinet, qui avait séché et n'était plus parfaitement étanche).
J'ai fait comme tu dis, verser le vinaigre avec la mère dans un saladier (je n'ai pas filtré, il n'y avait pas besoin), et puis une fois ma petite affaire terminée j'ai fait l'inverse, sans aucune difficulté. La mère n'a pas souffert du tout, tu peux y aller tranquille à mon avis.
On fait tout un pataquès de la "santé" de cette "mère" mais en fait ce n'est pas un organisme vivant, c'est juste la preuve de la présence du champignon, si j'ai bien compris la mère ce sont les déchets de la décomposition du vin. Alors il faut éviter de mettre des sulfites dans le vinaigre pour ne pas tuer le champignon, mais sinon, il n'y a pas de précaution particulière à avoir
