Le principe de la stérilisation est de chauffer suffisamment une préparation pour tuer tous les microbes, et de la garder ensuite totalement isolée de l'air ambiant pour qu'aucun ne s'y re-dépose. C'est une bonne chose aussi d'évacuer autant d'air que possible du pot pour éviter une oxydation des aliments, c'est à dire une réaction avec l'oxygène de l'air.
Quand on stérilise la majorité de l'air se dilate et s'échappe du bocal, et si la fermeture est adéquate il n'en rentre pas plus après. Il n'y a donc pas d'exposition au milieu ambiant et la conserve reste stérile.
Par contre pour le thon et tous les aliments peu-acides, il faut chauffer jusqu'à 116°C pour tuer toutes les bactéries et leur spores. Celles de certaines bactéries comme celle qui cause le botulisme survivent très bien à 100°C. Pour atteindre ces températures il faut chauffer sous pression, une grosse cocotte-minute qui fonctionne sous 0,8 bar (voir le manuel) est suffisante jusqu'à 400m d'altitude (ce qui doit être le cas à Rennes). Sinon l'idéal est un autoclave domestique, il faut commander aux USA mais même avec la livraison ce n'est pas plus cher qu'un auto-cuiseur de qualité (et on peut aussi s'en servir comme tel).
Pour ce qui est de la température, c'est tout à fait possible que votre eau ait bouilli à 99°C, elle bout à 100°C "au niveau de la mer" c'est à dire à altitude 0 m et dans les conditions de pression moyennes. C'est tout aussi possible, voire plus, que votre thermomètre ait été déréglé ou que vous ayez pris votre mesure à un point non représentatif du reste de la marmite.
En ce qui concerne les bulles ce n'est pas vraiment inquiétant si elles sont là dès le départ, mais on peut chasser l'essentiel des bulles avant stérilisation en passant une spatule entre le bord du pot et les aliments, jusqu'au fond.
Vous n'aurez jamais vraiment de "vide" d'air dans votre pot, mais moins il y en aura et moins vous aurez d'oxydation (décoloration etc.) Par contre si des bulles apparaissent plus tard dans le pot fermé, ce sera que votre "conserve" est gâtée.
Modifié (oct. 2011)