Pasteuriser, c'est augmenter rapidement la température d'un aliment pour tuer les bactéries nuisibles qui s'y développent. Rien à voir avec la position du pot.
Quand vous mettez un produit chaud en pot, l'air qui est juste au-dessus de la préparation est chaud aussi. Si vous bouchez vos pots à ce moment, la fermeture est censée être hermétique et et il n'y aura pas plus d'air à rentrer. Donc quand le contenu du pot va refroidir, l'air emprisonné au-dessus de la confiture refroidira aussi et se contractera, ce qui créera une sous-pressurisation dans votre pot : ce qu'on appelle abusivement le "vide d'air" qui tire le couvercle vers le bas.
Plus tard, quand vous ouvrirez votre pot, de l'air supplémentaire va rentrer pour combler ce "vide", c'est ce qui fait le ploc caractéristique.
Si votre confiture a commencé à fermenter, il y aura production de gaz et le couvercle sera bombé ou en tous cas ne sera plus concave. Par contre des moisissures peuvent se former par-dessus une confiture dans un pot dont le couvercle reste concave.
En soi la concavité du couvercle vous assure juste que le pot est scellé hermétiquement après y avoir mis des produits chauds ; par contre ça ne dit rien sur la stérilisation. Vous pourriez faire chauffer 3 kg de crottes de chiens et les mettre en bocal que vous scelleriez, votre couvercle serait quand même concave et ferait "ploc" à l'ouverture (les premiers jours en tous cas!)
Capsule, votre confiture n'est pas un produit stérile. Même si sa température est de 100°C à 104°C dans le chaudron, elle aura beaucoup baissé pendant la mise en bocaux. Elle aura été au contact de l'air et du matériel dans la louche, sur l'entonnoir, pendant qu'elle est versée, dans le bocal, etc. Par contre le milieu acide des fruits, ajouté au sucre, fait que les bactéries auront certainement moins tendance à se développer. Tout le monde connaît des exemple des pots ou de séries entières qui "ont tourné" ce qui prouve que le procédé est loin d'être au point.