J'ai le même problème avec mon fils de 14 mois, aussi allergique au lait, mais lui, avec manifestations allergiques (eczéma atopique). Pour note, si ton fils a des tendances à maladies respiratoires (bronchites, laryngites, bronchites asthmatiforme ou même asthme), alors, ce sont des manifestations d'allergie aussi. Je te parle en connaissance de causes, car moi, je me suis rendue compte seulement à l'âge adulte que mes problèmes d'asthme étant petite, puis de bronchites par la suite, étaient dus à une allergie au lait non décelée. Bref, tout ça pour te dire que le lait peut être un poison pour l'organisme, et que ton fils a bien raison de le refuser. On a tendance à croire que le lait renforce, mais ça peut être tout le contraire.
Pour ma part, dans l'alimentation de mon fils, j'ai même bânni le lait de soja, car il faisait encore des manifestations allergiques, de même que le lait de chêvre, que tout le monde me disait révolutionnaire, et je n'ai gardé que le
lait de riz. En fait, les proteines du soja sont très proches des proteines du lait, et des protéines animales en général, et finalement, comme substitut, là où je vis (en Italie), où l'allergie au lait est très répandue et connue, on déconseille le lait de soja. Je n'ai gardé qu'un yaourt au soja, ou des crèmes desserts également au soja, maximum une fois par jour pour mon fils, parfois pas.
Ne t'en fais pas pour les apports en calcium, ils sont très largement comblés par une alimentation riche en légumes, et en certains fruits (type banane, très riche en calcium). Je crois même, à confirmer, qu'on le trouve en bonne quantité dans les abats (pour les petits, foie de veau par exemple). Bref, l'apport en calcium du lait est très surfait, si on donne une alimentation riche en végétaux, en légumes secs également très riches en calcium, alors les apports en calcium sont largements suffisants. Sans compter, comme dit plus haut, qu'il y a également des eaux minérales riches en calcium, et qu'il suffit d'en favoriser la présence dans l'alimentation du petit.
En conclusion, et pour rassurer tout le monde, de manière générale, une allergie alimentaire, si on supprime l'allergène totalement de l'alimentation, s'en va au bout de deux ou trois ans. A l'issue de ce délai, faire des essais, en très très petites quantités d'abord, et surveiller. Il arrive même que, chez les enfants, ce soient eux mêmes qui réclament l'élément au bout d'un certain temps de "sevrage" (c'est du vécu, chez une amie à moi).
Juste à titre anecdotique, et je finirai par ça, il arrive même (je tiens cette info d'un homéopathe) qu'un individu allergique soit surconsommateur du produit allergène, de telle sorte qu'il est totalement intoxiqué. L'exemple d'un enfant qui ne boit que du lait à tous les repas, sans même consommer d'eau, mange énormément de fromage, de yaourts et tous produits laitiers, et présente un physique maigre (trop maigre...), est l'exemple type d'un allergique au lait intoxiqué... là, le sevrage est nettement moins rigolo que celui de nos fils... Ca donne du courage !
En tous cas, cette allergie m'a donné l'occasion d'explorer d'autres façons de cuisiner, sans crème, sans béchamel, mais avec des huiles végétales variées, et le plaisir des légumes secs, un peu trop mis de côté, voire les régimes végétariens, certains jours. Finalement, ça redonne des couleurs à nos assiettes, et c'est beaucoup plus naturel qu'un petit suisse au fruits acheté en supermarché, non ?
As-tu essayé la chapelure ? 
